污水处理过程的选择应综合考虑各种因素，通过对各种方案的技术经济比较得出结论，包括:污水质量、污水处理程度、建设和运行成本、工程施工难度、当地自然和社会条件、污水量和二次污染。
一、废水水质
生活污水的水质通常比较稳定，一般的处理方法有酸化、好氧生物处理、消毒等。工业废水应根据具体水质情况合理选择工艺流程。特别需要指出的是，利用好氧生物处理技术处理废水时，要注意废水的生化性，通常要求BOD5/COD>0.3，如果不能满足要求，可以考虑厌氧生物水解酸化，提高废水的生化性，或者采用非生物处理的物理和化学方法等。

二、污水处理程度
这是污水处理过程选择的主要依据。原则上，污水处理程度取决于污水的水质特征、处理后水的去向和污水流入水体的自净能力。但目前污水处理程度的确定主要取决于国家相关法律制度和技术政策的要求。通常环境管理部门根据《污水综合排放标准》及相关行业排放标准控制污水排放浓度，一些经济发展水平较高的地区也规定了更严格的地方排放标准。因此，无论需要处理什么样的污水，无论采用什么样的处理技术和处理程度，都应以处理系统的出水达标为依据和前提。根据法律、法规和政策的要求预防和控制水环境污染。

三、建设和运行费用
在考虑施工和运行成本时，应以处理水达到水质标准为前提。在此前提下，应重视工程建设和运行成本低的工艺流程。此外，减少占地面积也是降低建设成本的重要措施。
四、工程施工难度
工程施工难度也是影响工艺选择的因素之一。如果地下水位高，地质条件差，不适合选择深度大、施工难度高的处理结构。
五、当地自然和社会条件
当地地形、气候等自然条件也影响废水处理工艺的选择。如果当地气候寒冷，应采取适当的技术措施，在低温季节正常运行，保证达标水质的工艺。
原材料、水资源和电力供应等当地社会条件也是过程选择中应考虑的因素之一。
六、污水水量
除水质外，污水的水量也是影响因素之一。对于水量和水质变化较大的污水，首先要考虑采用抗冲击负荷能力强的工艺，或者设置调节池等缓冲设备，尽量减少不良影响。

七、二次污染
污水处理过程中应注意是否会造成二次污染。比如制药厂废水中含有大量的有机物(如苯、甲苯、溴等。)，曝气过程中会有有机废气排放，影响周围的大气环境；化肥厂造气废水经沉淀冷却后回收，冷却塔尾气中含有氰，污染大气；农药厂乐果废水处理中，用碱化法降解乐果。如果用石灰做碱化剂，产生的污泥会造成二次污染；印染或染料厂废水处理时，污泥处理是重点考虑的问题。