农村污水处理设施运维水平低
（1）缺乏运维资金和管理制度，重建轻操作。由于缺乏运维资金和有效的运行管理评估体系，缺乏监督，污水处理设施的实施、管理效果、水质检测和排放缺乏有效的评估手段，部分污水处理设施闲置或运行异常。
（2）缺乏操作和维护技术和人才。目前，农村生活污水处理设施缺乏操作技术，管理人员主要是当地村民，缺乏环保知识和设备操作管理技能，只能负责设备的日常护理，难以胜任专业水平的系统维护，导致污水处理效果和水质不合格。
农村污水处理、建设和运营成本:投资和运营成本高，每吨水电消耗高
根据生态环境部发布的《农村生活污水处理项目建设和投资指南》，由于水量较小，在相同情况下，农村污水的吨水投资和用电量略高于市政污水处理厂。然而，生态处理技术的选择可以降低成本。
商业模式需要创新：多种模式并举，政府、社会资本方、村民三方积极参与，解决投入
建立地方政府债务融资机制，促进地方融资平台转型和市场融资，规范和促进政府与社会资本合作（PPP）通过特许经营等方式吸引社会资本参与农村污水处理项目，通过绩效考核支付运营费用可大大提高治理效果。
加快农村污水处理设施产权制度改革。县级人民政府或者其授权部门应当按照国家有关规定确定大型农村集中供水基础设施的产权所有权；以政府投资为主，建设小型农村供水基础