水解(酸化)过程是厌氧消化的第一、二阶段，但水解(酸化)过程与厌氧消化所追求的目标不同，因此处理方法也就完全不同。水解(酸化)系统的目标主要是将原水不溶性有机物转化为可溶性有机物，尤其是工业废水处理，主要是将难降解物转化为易生物降解物，以改善废水的可再生性，以便进行后续的好氧生物处理。

鉴于后续好氧处理所消耗的能量，水解(酸化)主要用于低浓度难降解废水的预处理。水解酸化反应与厌氧消化系统的整个消化过程是有机结合的，在同一反应器内。水解酸的作用是在混合厌氧消化过程中为甲烷化反应提供底物。
双相厌氧消化产酸期(产酸期)是指将产酸期与产甲烷期分离，从而形成各自最佳环境的过程。产酸阶段还对生成的酸态(主要是乙酸)提出了要求。另外，如果废水中含有较高浓度的硝酸盐、亚硝酸盐、硫酸盐和亚硫酸盐，则其转化产物不仅对沼气池的幼苗有毒害作用，而且会影响沼气池的产酸阶段。

所以，虽然水解(酸化)-好氧(酸化)工艺的水解(酸化)阶段、两相厌氧发酵和混合厌氧消化生产有机酸，但由于处理目的不同，操作环境和条件也有很大差异，主要表现在以下几个方面：
1.Eh不同的：
由于水解酸化过程中微生物与产甲烷菌处于同一反应器内，因此在混合厌氧消化系统中，对整个反应器内Eh的控制首先要满足产甲烷菌的严格要求，一般要求小于300mV。水解(酸化)系统中的微生物也在这一潜在值下工作。通常情况下，两相厌氧消化系统产生酸性物质的氧化还原电位控制在100~300毫伏。根据研究，水解(酸化)-好氧处理过程中的水解(酸化)过程是典型的兼氧过程，只要把Eh控制在+50mv以下，即可顺利完成。
2.酸碱度不一样
厌氧消化系统混合菌中，消化液的pH控制在甲烷菌生长的最优pH范围，一般为6.8~7.2。双相厌氧消化系统产酸过程中，产酸量一般控制在6.0~6.5之间。随着pH值的降低，产酸率增大，有机酸的形态发生变化，丙酸的相对含量增加，对后续甲烷相中产甲烷菌的抑制作用增强；对水解(酸化)-好氧处理系统，由于后续处理为好氧氧化，不存在丙酸抑制作用，因此pH控制范围较宽，可获得较高的水解(酸化)率，一般维持在5.5-6.5。

3.气温不同
这三种工艺的温控也不同。一般情况下，混合厌氧消化系统和两相厌氧消化系统的温度都受到严格控制，可在中温(30-35℃)或高温(50-55℃)。水解(酸化)-好氧处理工艺中的水解(酸化)阶段对工作温度没有特别要求，一般在常温下操作，也可达到满意的水解(酸化)效果。